La storia dell'intero complesso paleocristiano nasce all'incirca nel II - III sec a.C. sotto la denominazione romana con la realizzazione di una grande necropoli pagana ad opera dei nolani. L'area in cui sorse la necropoli fu scelta oltre che per le sue caratteristiche geomorfologiche, soprattutto per la sua vicinanza alle mura della città di Nola.
Il "Coemeterium" fu sito sepolcrale della Nola consolare ed imperiale. L'avvento della necropoli pagana col suo insediamento ed impianto cambiò la concezione sepolcrale largamente in uso; si abbandonò la sepoltura privata nel podere di proprietà o lungo le strade ma si posizionarono i sepolcri in un unico luogo. In questa area si seppellì in svariate tipologie tombali, dall'imponente mausoleo commemorativo alle semplici "formae" terragne (sepolture a terra realizzate in mattoni). La necropoli, nel tempo a causa delle tante sepolture assunse l'aspetto esteriore di una città, apparendo da lontano un'estensione urbana della stessa Nola. Tale effetto aumentò con la costruzione di un importante strada consolare,la Via Popilia che rasentò il luogo sepolcrale e sulla quale furono aperti gli ingressi alla necropoli. Gli elementi che distinsero le tombe cristiane dalle altre, specie nella decorazione in affresco che tante volte le arricchiva, furono immagini simboliche, dei veri e propri codici grafici e pittorici che sottintendevano tutt'altro significato da quello che in apparenza esprimevano è il caso del melograno, del pesce, del tralcio di vite, della colomba recante un ramoscello d'ulivo nel becco, del pavone, del buon pastore e così via. Tra i mausolei della necropoli pagana d'epoca imperiale vi trovò sepoltura il santo Felice. Pastore e guida spirituale della comunità Cristiana di Nola, alla sua morte i nolani lo seppellirono nella necropoli della città , elevando in sua memoria intorno alla seconda metà del IV secolo d.C. una prima rozza basilica nei pressi della tomba.
Il "Coemeterium" dell'antica Nola ben presto divenne santuario e sede di molti pellegrini fra i quali nell'anno 368 anche papa Damaso, a giudicare dalla devozione che egli nutriva per il santo; a lui si deve la costruzione dell'imponente abside della basilica "Vetus" di S.Felice. Il complesso basilicale raggiunse il suo massimo splendore verso la fine del secolo IV grazie all'opera ed alla cultura di un certo Meropio Ponzio Anicio Paolino (S.Paolino). Questo prestigioso esponente della classe senatoria, originario di Bordigala (odierna Bordeaux) in Gallia, si stabilì presso la tomba di S.Felice dedicandosi al restauro degli edifici esistenti ed alla costruzione di una nuova basilica ( basilica Nova) e di alloggi per la comunità monastica da lui costituita per i pellegrini. Grazie a quest'uomo dalla cultura immensa Cimitile divenne uno dei principali centri religiosi della cristianità ed i pellegrini vi affluivano da ogni parte del mondo. Fece ampliare, inoltre, l'aula che racchiudeva la sepoltura di Felice e la prima basilica cristiana eretta dai nolani.
Paolino provvide ad abbattere l'abside dell'aula Feliciana originariamente posta a conclusione della parete nord dell'ambiente, aprendovi, in sostituzione, un nuovo triforium simile nelle dimensioni a quello esistente a meridione. Il triforium fu realizzato in asse con il frontale di accesso alla navata centrale della basilica Nova, edificata a circa sei metri di distanza dall'aula Feliciana. La nuova basilica, sontuosa nelle forme e decorazioni, fu terminata nel 403.
L'opera di Paolino permise al sito sacro di "Coemeterium" di diventare un Santuario Cristiano di grande fama, trasformando l'originario "Coemeterium" in luogo abitato con nome "Coemitinus pagus", poi nei secoli Cimitile, dando così origine ad un primitivo centro abitato intorno al luogo santo. In epoca successiva alle costruzioni paoliniane sorsero nell'area santa altre costruzioni come quella di S.Stefano (VI sec. d.C.), S.Tommaso (VI-VII sec.) e S. Giovanni (XII-XIII sec.); quest'ultima venne edificata recuperando la parte absidale della basilica nuova di S.Paolino ( crollata forse a causa di un sisma o di un alluvione che seguì l'eruzione del Vesuvio, cosiddetta di Pollena).
Nel corso dei secoli il complesso subì interventi di abbellimento ad opera del vescovo Lupeno nel secolo IX. Con l'arrivo dei Longobardi il complesso fu oggetto di devastazioni. Infatti, furono trafugati i corpi dei Santi Massimo, Paolino, Adeodato e le reliquie dello stesso S.Felice. Agli inizi del X secolo il vescovo Leone III provvide a dare un'ulteriore sistemazione al complesso, con particolari interventi alla basilica dei SS. Martiri e a quella di S. Calionio. Nel XIV secolo il complesso basilicale fu privato della sede vescovile, in quanto, fino ad allora la basilica di S.Felice era stata cattedrale di Nola; da questo momento in poi la sede vescovile fu trasferita in città. Nello stesso periodo accanto all'abside occidentale della basilica (Vetus) di S. Felice fu costruita la Cappella di S.Maria degli Angeli. Nel '600, si deve al preposito Carlo Guadagni il merito di aver dato autonomia alle basiliche ed inoltre, provvide a divulgare la storia del complesso. Nel '700 per costruire la nuova chiesa parrocchiale fu demolita buona parte della basilica "Vetus". Nel corso del XX secolo il sito archeologico ha subito notevoli interventi di restauro, non ultimi quelli giubilari che hanno permesso di realizzare un "antiquarium" nella parte sottostante la chiesa Parrocchiale, con materiale proveniente dall'area monumentale, in varie campagne di scavi fatti nel corso del secolo. Quest'ultimi hanno portato alla luce altri resti di edifici con alcune tracce di affreschi nei pressi dell'abside della basilica di S. Giovanni. Ultimamente non sono mancati pellegrinaggi alla tomba del taumaturgo Felice, infatti, lo stesso Papa Giovanni Paolo II nel maggio del 1992 è venuto in mistica preghiera sulla tomba del santo Felice. La "Città Santa" di Cimitile racchiude in sé circa ventidue secoli di storia, a partire dagli albori del cristianesimo in Campania fino ad oggi; adesso è senza dubbio uno dei più affascinanti esempi d'arte paleocristiana in Italia. Per meglio rappresentare l'importanza del Complesso Basilicale di Cimitile ci avvarremo di celebri frasi, nell'ordine, di tre importanti e passati Sovrintendenti ai Beni Monumentali ed Archeologici della Campania, Gino Chierici, Amedeo Maiuri e Raffaello Gausa:
"il monumento di arte paleocristiana più suggestivo del mezzogiorno d'Italia;" "Siete trasportati d'incanto fra le Basiliche e Santi del IV e V secolo; una città fondata da un consolare romano, accanto alla città dove morì Augusto e visse georgicamente Virgilio. Oggi, fra rovine, sovrapposizioni, restauri, muri e barbacani di sostegno, è il più arduo problema della Campania paleocristiana".
"Un millennio di arte cristiana è a Cimitile, il più complesso e vario museo d'arte paleocristiana, bizantina, barbarica e romanica conservato in Campania".